Notre siège est un solide prieuré du XIIeme siècle fondé par l’ordre de Saint-Augustin en 1137 et situé dans le jura. Entièrement restauré par Sonja et Bernard Aubertin, il accueille aujourd’hui une manufacture d’orgues ainsi que nos éditions.
Ce lieu chargé d’histoire a connu de nombreuses guerres. Il a subit les pillages lors des guerres des XIVème et XVe siècles. En 1587, il ne reste qu'un seul religieux à Courtefontaine. Les bâtiments furent victimes de pillages, de dégradations et d'incendies : en 1595, le prieuré est pillé par les coureurs d'Henri IV. En 1636, les soldats de Condé brûlent le monastère. Vendus comme biens nationaux durant la Révolution française, les bâtiments furent rachetés par le Clergé à la Restauration et, vers 1817, concédés à Monseigneur de Chamon, évêque de Saint-Claude qui fonda une école dirigée par les Frères de Marie. L'accroissement du nombre d'élèves entraîna quelquesextensions.
En 1829, l'évêque créa la première école normale d'instituteurs du Jura. En 1840, l'aile arrière fut construite, alors que l'école est gérée par les frères marianistes. En 1881, on nota un agrandissement notoire. Cependant, la loi des associations en 1901 précipita la disparition del'école qui ferma en 1903. De 1907 à 1923, un petit séminaire fonctionna, puis une maison de retraite (institution Saint Cassien) vint s'ajouter jusqu'en 1934. Hôpital militaire en 1939, l'ancien prieuré fut réquisitionné en 1940 par les Allemands. En 1941, l'institution Sainte-Marie et les Marianistes en reprirent possession, le dernier d'entre eux quittant en 1951. Après avoir été une colonie de vacances, et en dernier lieu un élevage de poules, le vieux prieuré était partiellement en ruines. En 1978, lorsque Bernard Aubertin se rendit acquéreur pour y installer une manufacture d'orgues.
Juste devant l'entrée du prieuré, un chêne énorme ombrage le petit cimetière communal proche et l'ancien presbytère. On dit qu'il aurait été planté lors de la conquête française en 1678.